Kisah Naruto Shippūden: Ultimate Ninja Storm 2 dimulai dari pertama Naruto: Shippūden episode ke akhir Invasi Pain Arc, kandungan dari 3 tahun siaran anime. Permainan ini memiliki cerita tiga-bagian dalam dari sudut pandang Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha dan Jiraiya.

Dalam Free Jelajah Anda dapat pergi melalui Desa Daun Tersembunyi, hutan, gurun, dan Sunagakure. Permainan ini memungkinkan Anda bermain melalui "Rescue Gaara Arc" seperti Naruto, "The Hunt untuk Itachi Arc" (sebagai Sasuke Uchiha), dan "The Amegakure Infiltrasi Arc" (seperti Jiraiya). Selain itu, ada saat-saat tertentu di mana Anda dapat mengontrol orang lain dalam Overworld, seperti Shikamaru dan Asuma. Modus cerita tidak lagi bermain dengan melakukan misi, namun sekarang menjadi RPG dengan tidak ada hubungannya dengan bagian cerita yang tidak berhubungan. Anda akan mampu, seperti biasa, untuk memainkan misi sisi-cerita, dari yang termudah ke yang lebih keras. Anda akan mengumpulkan mengutuk boneka, kenangan, burung messenger, dan item (pertempuran item, item koleksi). Anda juga akan, pada beberapa titik cerita, disertai oleh tim-rekan dan teman-teman. koleksi Gulir di sini untuk tinggal, Anda akan mengumpulkan berbagai jenis gulungan: biru, kuning, hijau, dan gulungan merah. Setiap gulir akan ada hubungannya dengan hal-hal yang Anda lakukan sebelum mengumpulkan mereka. Jika Anda telah berjuang pertempuran besar sebelumnya, dan Anda pergi ke tempat yang sama, Anda akan menemukan Gulungan Merah menandakan Mayor Pertempuran atau Gulungan Blue yang menandakan sebuah memori Penting. Ada Kristal Memory juga yang dapat Anda gunakan dalam The Hokage's Mansion, untuk melihat kenangan sebelum waktunya skip.

Misi meliputi Acara Correspondence, Acara Persahabatan, Tes, dan pertempuran. Anda akan mendapatkan uang dan barang-barang yang akan diperlukan untuk membuka dan tantangan lain lengkap saat Anda berhasil menyelesaikan misi. Toko-toko yang tersebar di Dunia akan memiliki berbagai jenis produk misalnya. ninja info kartu, angka, musik, diorama, film, ougis tambahan, dan item khusus yang membantu Anda melanjutkan cerita. Anda akan menemukan misi dengan berbicara dengan orang-orang di bar, berbicara dengan Tsunade, dengan teman-teman Anda dan oleh orang-orang di jalanan.

Sistem trofi ini sangat terkait dengan alur cerita dan Free Jelajah Mode, seperti mendapatkan hasil emas (S-peringkat) ketika Anda memenangkan pertempuran bos, mendapatkan banyak uang dan mengumpulkan item khusus yang penting untuk misi.

Berkat teknologi baru yang dikembangkan oleh Studio Hero luar Jepang, pemandangan di Jelajah Free sama anime, itu pada dasarnya menempatkan karakter komputerisasi di lanskap. Ini akan menggabungkan semua tempat yang dikenal Konoha seperti Yamanaka's Flower Shop, Mansion Hokage (ruang dan atap) Ichiraku Ramen dan beberapa bar, seperti pangsit bar dan beberapa bar rekreasi.